Contrôleur général économique et financier au Ministère de l’économie, de l’industrie et de l’emploi, Antoine Mérieux est à l’heure actuelle responsable de la Mission de contrôle des activités financières à la Direction générale du Trésor, qui suit l’activité des établissements de crédit investis de missions d’intérêt général. Il exerce à ce titre notamment les fonctions de secrétaire général de l’Observatoire de l’épargne réglementée et participe à la mission de contrôle des rémunérations des opérateurs de marché confiée à Michel Camdessus.
Antoine Mérieux est depuis janvier 1999 Délégué général de l'Association d'économie financière (AEF), qui publie notamment la Revue d’économie financière et le Rapport moral sur l'argent dans le monde, ouvrage collectif annuel qui traite des grands enjeux éthiques des activités financières.