Marie Krpata est chercheuse à l'Institut français des relations internationales, où elle s'intéresse particulièrement à l'Union européenne, à la politique étrangère de la France et de l'Allemagne et à l’économie allemande.

Dans le cadre de son travail pour le Comité d'études des relations franco-allemandes (Cerfa), elle a publié une étude sur l’industrie automobile allemande (Mars 2021). En automne et hiver 2021, elle a également participé comme experte économique au Comité économique et social européen (CESE) dans le cadre d’un avis exploratoire relatif à la mise à jour de la stratégie industrielle de l'UE sur les écosystèmes, l'autonomie stratégique et le bien-être. D’autres publications de Marie Krpata portent sur les relations UE-Chine (Avril 2022 et Avril 2024) et sur la politique industrielle de l’UE (Octobre 2022), de même que sur les accords commerciaux UE-Mercosur (Octobre 2023 et Septembre 2024). Ses recherches actuelles portent sur le plan d’investissement de 500 milliards EUR annoncés par l’Allemagne en 2025.

Dans le cadre de la coopération entre la Fondation Genshagen et l’Ifri, Marie Krpata modère régulièrement des ateliers et co-publie des notes à l’issue de ces ateliers comme par exemple sur la transition verte ou sur les minéraux critiques.

Avant de rejoindre le Cerfa, elle a également travaillé dans le secteur du conseil, où elle a notamment participé à des projets d'infrastructure au Brésil, au Chili et en Afrique du Sud.