Normalien, Stéphane Le Bouler est agrégé de Sciences sociales et titulaire d’un DEA d’Economie des institutions de l’EHESS. Après une carrière en cabinet ministériel, au Commissariat général du Plan et au ministère de la Santé, il a coordonné en 2015-2016 les travaux de la Grande conférence de santé (demandée par le Premier ministre et consacrée aux questions de ressources humaines et de formation en santé), avant d’être nommé Secrétaire général du Haut conseil pour l’avenir de l’assurance maladie (2016-2018). Il a été entre 2018 et 2021, responsable de projet pour l'intégration à l'Université des formations paramédicales et de maïeutique, pour le compte des ministres de l'Enseignement supérieur et de la Santé. Il a mené dans ce cadre, fin 2020 et fin 2021, à la demande du Premier ministre, deux missions de concertation Etat-régions sur la création de places de formation en santé et le financement de ces formations. En février 2021, il a été nommé Secrétaire général du Hcéres, l’autorité publique indépendante en charge de l’évaluation de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Il a été président par intérim du Hcéres entre septembre 2023 et mars 2025. Il est depuis cette date en charge d’une mission de prospective de l’emploi scientifique demandée par le ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche.

Au fil des ans, il a conduit ou rapporté de nombreuses missions de concertation sur les questions d'organisation des soins et de sécurité sanitaire, de santé environnementale ou de prise en charge du grand âge.

Il préside le think tank Lisa – Laboratoire d’idées santé autonomie (www.lisa-lab.org), depuis sa création en 2019. 

Il est adjoint au maire en charge des finances et de l’administration générale à Brech (Morbihan).