Jérôme Maillard est diplômé de l'Institut d’Études Politiques de Paris (promotion 1993). Il est également titulaire d’un diplôme d’études supérieures spécialisées «gestion des collectivités locales», Université Paris I Panthéon-Sorbonne.
Il démarre sa carrière dans le champ de la Politique de la Ville au sein du Grand Projet Urbain Aubervilliers-Saint Denis-La Courneuve. Il la poursuit à la Communauté de Communes du Bassin Potassique en Alsace, sur un territoire marqué par son passé minier et exposé à des problématiques de reconversion industrielle.
Il prend les fonctions de Directeur adjoint de l’action sociale à la Communauté Urbaine de Strasbourg de 1999 à 2002. Il occupe différents postes au sein du Conseil Général du Territoire de Belfort à partir de 2002, dont celui de Directeur Général des Services de 2008 à 2013.
Il entre à la Communauté Urbaine de Lyon en octobre 2013 en tant que Directeur de la Mission Métropole, chargé de la création de cette collectivité à statut particulier. Le 1er janvier 2015, il devient Directeur Général Délégué en charge des Territoires et de la Cohésion métropolitaine.